淡水魟鱼是一种软骨且无鳞的鱼种，主要鱼体特征是身体呈圆扁型，因此魟鱼躯体又称体盘或体幅，是由发达的胸鳍逐渐演变而成的。魟鱼主要通过体盘直径长短来计算大小，常见的体盘形状有圆形和桃形。

魟鱼眼睛位于背部，两眼之间距离较近，这使得魟鱼即使是潜伏在砂层中，也可以非常方便地观察周围的动静。根据魟鱼的眼睛，可将魟鱼分为大眼魟和小眼魟。大眼魟眼睛较大且突出视力较好，而小眼魟眼睛则略小且平贴在体表不凸起，这类魟鱼视力较差。魟鱼瞳孔的形状可根据光线的强弱自行调节。

魟鱼鱼鳃包括外鳃和鳃孔，淡水魟鱼外鳃常见的为5对，特殊品种也有6对或者7对，外鳃无法进行呼吸，呼吸的主要部位是鳃孔。鳃孔位于鱼体背部、两眼后方。

魟鱼的鱼鳍主要有胸鳍、腹鳍和尾鳍。胸鳍已逐渐演化成盘状。腹鳍的主要作用是辅助胸鳍、尾鳍，腹鳍在魟鱼的运动中，不提供前进的动力，仅起到扭转方向的作用，逐渐地退化成相当小的比例，其中公鱼的尾鳍已演化成交尾器。

魟鱼的棘刺从鱼体背部中央直到尾部，呈现齿状凸刺，有单排和多排之分，每两年进行一次毒刺更换。有时魟鱼身上会同时具有2-3只棘刺，最大最上方的是最老最先被换掉的棘刺，它的存在主要是为了鱼体受到惊吓时进行自我保护。

魟鱼的尾刺是为了起到保护作用演化而来，呈现骨质扁平针状，中空有毒性，边缘呈现细小的锯齿状。随着魟鱼的成长，会长出新刺来将老刺替换掉，在替换期间可能会存在两刺上下重叠或者是三根并存的情形。

魟鱼的斑纹形式多样，无论是圆点的大小、数量还是排列方式甚至是体色的明暗，都很难找出具有代表性的个体纹路。伴随着这些变化和多样性，一些魟鱼品种之间往往非常容易出现混乱。